Sejarah singkat berdirinya MIN 5 Jombang bermula dari lembaga pendidikan Islam yang dikelolah oleh Yayasan “Nurul Huda“ yang diberi nama MIS “Nurul Huda Randuwatang yang berdiri pada tahun 1969“.
Seiring perjalanannya serta mengingat tuntutan dan kemajuan zaman yang semakin berkembang, terutama dalam dunia pendidikan dan agar supaya madrasah ini lebih maju, bermutu, serta dapat mengikuti perkembangan zaman dan tantangan dunia global, maka pada tahun 2004 MIS Nurul Huda Randuwatang berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor : 588, tahun 2003 pada tanggal 30 Desember 2003, Surat Keputusan Kanwil Depag. Jawa Timur Nomor : Kw.13.4/4/PP.00/168/2004 tertanggal Surabaya, 28 Januari 2004, MIS Nurul Huda Randuwatang telah beralih status menjadi madrasah negeri dengan nama Madrasah Ibtidaiyah Negeri (MIN) Randuwatang Kab. Jombang dan sekarang berubah sesuai nomor klatur menjadi MIN 5 Jombang.
Semenjak beralih status dari swasta ke negeri, maka segala kebutuhan yang menyangkut pendanaan, pendidikan maupun sarana dan prasarana lebih banyak bersumber dari pemerintah pusat. Sehingga dengan begitu, sarana dan prasarana sedikit demi sedikit menjadi semakin lengkap dan memadai, sekalipun masih banyak kekurangan yang belum terpenuhi.
Adapun nama-nama yang pernah menjabat sebagai kepala MIN Randuwatang Kab. Jombang adalah :
